真空耙式干燥机在投资成本方面，相对真空冷冻干燥机等设备较低，设备结构相对简单，不需要复杂的制冷系统。但与热风干燥机相比，其投资成本较高，因为需要配备真空系统和加热系统。
在运行成本上，真空耙式干燥机适用于热敏性、高附加值物料的干燥，虽然真空系统和加热系统会消耗一定的能源，但能有效避免物料因高温变质，减少物料损失，从产品质量和价值角度看，具有一定的成本优势。然而，对于大规模、低附加值物料的干燥，其运行成本相对较高。
在适用物料方面，真空耙式干燥机适用于热敏性、易氧化、高粘度以及含有溶剂的物料，这是其他普通干燥设备难以做到的。但对于一些对干燥速度要求极高，且对温度不敏感的物料，其干燥效率不如热风干燥机等设备。同时，对于一些含水量极低、粒度极细的物料，真空耙式干燥机可能会出现物料飞扬等问题，影响干燥效果。
